检察院不予起诉是指人民检察院对侦查终结的刑事案件经审查后，认为依法不应追究犯罪嫌疑人的刑事责任、不需要判处刑罚或免除刑罚的或者经退回补充侦查仍证据不足的，作出不将犯罪嫌疑人移送人民法院进行审判的决定。

分为以下三种情况：

一、法定不起诉（决定不起诉）

犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有刑事诉讼法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。刑事诉讼法第十五条　有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。

二、酌定不起诉（相对不起诉）

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

三、证据不足不起诉

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定

由此可见，检察院不予起诉的犯罪嫌疑人不会经历法院审判阶段，不负刑事责任，也就是说不会留下案底。