办理农村医疗保险的程序包括：个人申请农村居民携带户口簿、二代居民身份证原件和复印件到户籍所在地村委会提出参加农村医疗保险申请，选择缴费档次，填写《新型农村社会医疗保险参保登记表》一式二份。

(第二)村协理员检查村协理员负责检查相关材料是否齐全，检查无误后，签字盖章，上报乡镇劳动保障事务所。

(第三)乡镇初审乡镇劳动保障事务所对村里上报的参保登记有关资料进行初审，审核无误后，经办人员在《参保登记表》上签字，上报县农保中心。

(第四)县农保中心复核县农保中心收到的乡镇上报来的参保登记有关资料及时进行复核，无误后，对乡镇劳动保障事务所录入的参保人员基本信息进行确认，为参保人员建立个人账户；在《参保登记表》签字、盖章，将有关材料归档备案。