天然蜂蜜中含有多种酸，其中主要是葡萄酸和柠檬酸，此外还有醋酸、丁酸、苹果酸和琥珀酸等。蜂蜜中的酸类赋予蜂蜜在味道上的复杂性，由于蜂蜜中含有高浓度的果糖，甜度掩盖了酸味。因为有些开花植物(尤其是秋季)泌出的蜜本身酸度极高，所以蜜蜂酿出的蜜食用时酸感就较明显，但自然酸和发酵变质的酸有很大的区别，变质的蜂蜜有酒味，正常的则没有。

有些蜜友缺乏对蜂蜜属性的了解，以为蜂蜜只有甜腻的口感，觉得带有酸或苦的就是问题蜂蜜。专业的养蜂人每选择一处放蜂的场地，都会先考察周遭的蜜源分布情况，看看方圆几百里是否存在有毒蜜源，直到确定环境适合放蜂才安营扎寨。

没有一成不变的蜂蜜，天然的蜂蜜都是随着气温的变化而变化，即使是本就不结晶的蜂蜜(像龙眼蜜、九龙藤蜜还有零度以下才结晶的洋槐蜜)在低温时也会越来越稠。蜂蜜的口感亦也随着蜜源植物的不同而各异，像秋季的猫爪树和泡泡藤山花蜜酸感就比较明显，九龙藤蜜则有苦感。